Influencia de la contaminación Se ha investigado el impacto medioambiental de los vertidos orgánicos de aguas fecales en la comunidad vegetal de la cueva , comparando los resultados del muestreo obtenido en las cuevas de los Piquetes, Belén y Breveritas Inferior. El efecto que tiene la cercanía de la boca en estas galerías es similar debido a que se encuentran a más o menos la misma distancia. Esta valoración se hace debido a que por la boca entran muchas especies troglófilas y trogloxenas, que no avanzan más allá de una decena de metros

   Así pues, la mayor diversidad la registró la galería de Belén y la mínima los Piquetes. Esto es claramente debido al efecto de la contaminación, ya que cuanto mayor es la cantidad de aguas fecales mayor es el deterioro del ecosistema. Por ello deberíamos mantener como referencia la comunidad animal de la galería de Belén, ya que las otras si no fuera por la contaminación que padece tendrían probablemente el mismo nivel ecológico.
    Sin embargo, hay que admitir que puede haber otras causas añadidas que empobrezcan la fauna de la cueva, que hasta ahora nos son desconocidas, aunque se baraja la posibilidad de la propia dinámica del ecosistema que no es estático.
     El deterioro de la comunidad animal en la galería de los Piquetes es muy grande de modo que se han visto disminuidas las especies troglobias y las troglófilas. En este entorno las especies dominantes son las saprófagas, cuyo índice de frecuencia es mayor de lo normal.
     En la galería de las Breveritas Inferior ocurre lo mismo, aunque en menor medida, ya que la contaminación es menor. Son frecuentes los depósitos de aguas fecales y gotea desde el techo.
Influencia de los visitantes en el ecosistema subterráneo
      Las visitas a la cueva también ejercen su influencia negativa en el ecosistema. De nuevo se comprueba que la galería de Belén registra una fauna de mayor diversidad que la de Breveritas Superior.
Sin embargo, queda demostrado que el efecto de la contaminación es superior al efecto del tránsito humano.
Influencia de la distancia vertical a la superficie
     Se ha demostrado en varias ocasiones la importancia de la gravedad en las transferencias energéticas desde la superficie al medio subterráneo, por ello es probable la hipótesis de que cuanto mayor sea la profundidad en el suelo, menor será el aporte trófico del exterior. Se produce un déficit energético que implica el empobrecimiento del ecosistema que es incapaz de mantener una complejidad excesiva.